但程元振却不肯放过他。在代宗安慰李辅国不久，长安就传出一件杀人案：李辅国在家中被大卸数块，丢了脑袋和一条膀子，刺客把李辅国的脑袋扔到了粪坑里，把他的胳膊放在了玄宗的陵墓前。代宗命人用木头凑齐李辅国的身体下葬，还赠了他一个太傅的头衔。
李辅国死后，禁军归程元振掌握，并任从一品的骠骑大将军，被封为公爵，他之专权误国，比起李辅国来，实在是有过之而无不及。首先，为了保住自己的权势地位，他对朝中的一些忠贞之臣进行诬蔑谗毁。例如，他串通太监鱼朝恩（观军容使）在皇帝面前多次说李光弼的坏话，弄得代宗真假难辨，结果，李光弼和他的弟弟李光义都被贬了官。李光弼在平定安史之乱中立过大功，名声仅次于郭子仪，在朝野之上有很高的威望，他的遭贬，引起了很大的震动。其次，程元振对朝中不屈附自己的官员也大加陷害，有很多元勋或名将被罢官或处死。这么一来，朝中人人自危，握兵在外的藩镇也提心吊胆，总想离得越远越好，以免被程元振罗织构陷。
代宗广德元年（公元763年），吐蕃人进攻长安，代宗立命藩镇阻挡救援，可各藩镇怕来到长安会被程元振陷害，一个个作壁上观，不敢提兵前来。代宗一看大势不妙，赶紧逃到陕州的鱼朝恩军中。结果，好好一座长安城，拱手让给了吐蕃人。房屋被烧，妇孺被掠，丁壮被杀，仓库一洗而尽，长安几乎变成了一座空城。