除此之外，朱棣在“靖难之役”结束后，对支持建文帝的江南士大夫和江南地主集团进行了血腥的镇压和清洗，屠杀虽然起到了震慑作用，但是这一做法也失去了南方民众的拥戴，使得江南士大夫和江南地主集团对于朱棣抱有很大的敌意。朱元璋在位时对江南士大夫和江南地主集团一直是种种压制，比如对江南地区征收重税，严禁苏州或松江人氏被任命为户部尚书，借此防范这些出身于富庶地区的人士借机把持财政，偏私家乡。
而这些政策都被朱允炆废除了，但是，朱棣在位又有果断恢复了其父朱元璋在位时种种压制江南地区的措施。两相一对比使得江南士大夫和江南地主集团更加怀念自己的旧主建文帝了，再加上建文帝下落不明，朝野汹汹。如果继续定都南京，处于江南士大夫和江南地主集团的包围之中，对于朱棣来说绝对不是什么良好的体验，而迁都北平则可以摆脱他们的包围，同时可以继续加强对他们的压制，而北平成为都城后势必会取代南京成为大明朝新的政治中心和军事中心，这些江南士大夫和江南地主集团就算想搞什么事情，也终究是“秀才造反，十年不成”。
