嘉靖遗诏的第一项内容是翻案。翻谁的案？当然是被嘉靖皇帝定性过的案。比如杨继盛、沈炼、郭希颜、杨允绳、杨最、杨爵等人。有的是因为反对权臣；有的是因为反对皇帝修仙、大兴土木。朝廷给他们恢复名誉、官职，给予谥号，并照顾健在的子女，给他们安排工作。杨继盛被追赠为太常少卿，谥忠愍，赐祭葬，他的一个儿子被朝廷任命为公务员；后来又接受御史郝杰的建议，在保定为杨大人修建祠堂，让子子孙孙都以他为榜样。沈炼、杨允绳追赠光禄少卿，朝廷也任用他们的一个儿子为公务员。随着平反活动的深入，隆庆皇帝还下旨给杨廷和、曾铣等人平反，很久以前，杨廷和是嘉靖皇帝的死对头，一辈子都无法原谅的罪人，现在朝廷给平反了，恢复官职，赠太保，谥文忠；给事中辛自修、御史王好问为曾铣打抱不平，说他也是一片爱国之心，应该平反，于是追赠为兵部尚书，谥襄愍。
如果朱厚熜泉下有知，看到自己的儿子和信任的内阁首辅如此作为，鼻子恐怕都要气歪了。隆庆皇帝这样做，有利于抚慰人们心里的创伤，减少天子与文官集团的对立，缓和统治阶层的内部矛盾，使文官们更加支持自己、认同自己。像害死沈炼的宣大总督杨顺、严嵩的党羽鄢懋卿、用童男童女尿换来尚书之职的顾可学等，都受到了惩罚。一朝天子一朝臣，帮助嘉靖皇帝修仙、排除异己的人都被处理了。