正在进行修业之旅的小智(松本梨香 配音)、小刚(うえだゆうじ 配音)、小遥(KAORI 配音)和小正(山田ふしぎ 配音),在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美(眞鍋かをり 配音)及其所在的玛丽娜剧团,于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代,她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普(藤岡弘 配音)夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿,神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败,他将与洋美、小精灵护林员杰克(山寺宏一 配音)以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……
本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。